A gestão operacional do PNL2027 é executada pela Comissária, a quem compete:
1. Submeter à aprovação do membro do Governo responsável pela área da Educação, em articulação com os membros do Governo responsáveis pelas áreas da cultura, da ciência, tecnologia e ensino superior e das autarquias locais o presente plano estratégico, os planos anuais e plurianuais de atividades, bem como os respetivos relatórios de execução;
2. Monitorizar regularmente a execução dos programas e das medidas constantes do PNL2027 e garantir o cumprimento dos respetivos prazos;
3. Celebrar protocolos com entidades públicas ou privadas, tendo em vista, designadamente, a obtenção de parcerias, mecenato e patrocínios;
4. Solicitar aos departamentos governamentais, serviços e organismos envolvidos toda a colaboração e informação necessária à prossecução dos objetivos do PNL2027;
5. Convocar e presidir às reuniões da Comissão Interministerial.

Compete a esta Comissão:
1. Planificar as atividades do PNL2027 e programar as ações necessárias à sua concretização, bem como os planos de atividades e relatórios de execução anuais;
2. Promover ações para a captação de novas instituições a envolver no desenvolvimento do PNL2027;
3. Assegurar a articulação com os membros do Governo das suas respetivas áreas, bem como com os organismos ou instituições sob a sua hierarquia, dependência ou tutela;
4. Garantir a articulação com várias entidades que contribuam para o desenvolvimento do PNL2027;
5. Assegurar a articulação com a RTP, no âmbito do cumprimento do contrato de concessão do serviço público de rádio e televisão, de forma a promover os objetivos constantes do PNL2027, na medida em que estes se enquadrem no princípio da autonomia editorial da sua programação;
6. Acompanhar as atividades desenvolvidas pelas entidades e organismos que concorrem para a prossecução dos objetivos constantes do PNL2027.

A monitorização e acompanhamento do PNL2027 são feitos pela sua Comissão Interministerial, composta pela Comissária; Subcomissária; três elementos designados pelos  membros do Governo responsáveis, pelas áreas da cultura; da ciência, tecnologia e ensino superior; das autarquias locais; e a Coordenadora da Rede de Bibliotecas Escolares. A  Comissão Interministerial é apoiada por um Conselho Científico com funções de natureza consultiva, designadamente no que diz respeito às linhas de orientação estratégica, bem como a projetos de investigação e avaliação.

O PNL2027 dispõe ainda de uma Comissão de Honra composta por individualidades que tenham contribuído significativamente com apoios e serviços para a promoção da leitura.

O apoio logístico e administrativo ao PNL2027 é prestado pela Direção-Geral da Educação.